ałożycielem Zakonu Bonifratrów był św. Jan Boży urodzony w roku 1495 w Montemor-o-Novo w Portugalii. Punktem zwrotnym w jego życiu był rok 1539. Pod wpływem kazań pokutnych św. Jana z Avili zaczął publicznie wyznawać swoje grzechy. Poczytano go za obłąkanego i zamknięto w szpitalu, gdzie na własnej skórze doświadczył ponurych metod leczenia. Po wyjściu ze szpitala zakłada pierwszy szpital w Grenadzie. Po kilku latach przenosi się do opuszczonego klasztoru, gdzie mógł pomieścić około 100 chorych. Do tej dobroczynnej działalności przyłączyło się kilku współpracowników. Aby utrzymać szpital prosił zamożnych o jałmużnę dla swoich chorych. Ponadludzkie prace, które podejmował dzień po dniu wyczerpały Jego siły. Dnia 8 marca 1550 roku zakończył swoje ofiarne i przykładne życie.

roku 1620 papież Urban VIII ogłosił Jana Bożego błogosławionym, a w roku 1690 papież Aleksander VIII ogłosił go świętym. W roku 1572 papież Pius V zatwierdził zgromadzenie założone przez św. Jana Bożego jako nowy Zakon nadając mu nazwę "Braci Miłosierdzia" i regułę św. Augustyna z obowiązkiem składania, oprócz trzech zwykłych, czwartego ślubu zakonnego tj. ślubu: służenia ubogim chorym. Współpracownicy Jana Bożego kontynuowali rozpoczęte przez niego dzieło. W ciągu 20 lat powstały 3 nowe szpitale: w Madrycie, Lucernie i Kordobie. W roku 1584 bracia kupili klasztor sióstr benedyktynek św. Kalibidy na wyspie Tybrze w Rzymie i zamienili go na szpital. Od tego czasu mieści się tam również siedziba Kurii Generalnej Zakonu. W wyniku I Kapituły generalnej zostały utworzone dwie prowincje: hiszpańska z 12 domami i włoska z 5 domami. W 1592 roku papież Klemens VIII zabronił wybierania przełożonych generalnych i prowincjałów. W ten sposób bracia utracili jednolite kierownictwo. Dopiero po czterech latach Klemens VIII zezwolił na dokonanie wyboru generała i przełożonych prowincji włoskiej. Włoska kongregacja zakonna mogła więc rozwijać się bez przeszkód. Papież Urban VIII w roku 1624 udzielił jej pełnej egzempcji. Około 1800 roku miała ona następujący stan: 6 prowincji włoskich - 75 szpitali; Francja z koloniami - 40 szpitali; prowincja niemiecka wraz z Węgrami - 32 szpitale oraz Prowincja Polsko-Litewska - 17 szpitali. W 1608 roku również Hiszpanie uzyskali zezwolenie na wybór własnego generała, a w trzy lata później wspólnota została podniesiona do rangi zakonu i wolno jej było opracować własną konstytucję. W 1624 roku bonifratrzy hiszpańscy uzyskali pełną egzempcję. Pod koniec XVIII wieku Hiszpańska kongregacja zakonna składała się z 8 prowincji: 3 prowincje w Hiszpanii - 60 szpitali; Portugalia, Indie i Brazylia - 28 szpitali; Kolumbia -13 szpitali; Peru i Chile - 20 szpitali; Meksyk - 31 szpitali oraz Filipiny - 5 szpitali.

XVIII w. rozpoczęły się dla Kościoła, a także i dla Zakonu, ciężkie czasy. W czasie Rewolucji Francuskiej bonifratrzy zostali zniszczeni we Francji. W wyniku rozbiorów zniszczono również znaczną część Prowincji Polskiej. W Niemczech kres prowincji położyła sekularyzacja. W 1835 roku w Hiszpanii rozszalała się wojna domowa, w wyniku której Zakon poniósł klęskę w kraju swego powstania. Również w Portugalii klasztory utraciły cały swój stan posiadania. W następstwie tych wydarzeń zniszczeniu ulegały również szpitale w Ameryce i Azji. We Włoszech w 1866 roku rząd wolnomularski zabrał naszym braciom wszystkie szpitale, ocalało jedynie kilka w Państwie Kościelnym.

całym Zakonie z 347 szpitali ponad 300 uległo zniszczeniu. Przy życiu pozostała jedynie Prowincja Austro-Węgierska, jednak i jej działalność była silnie hamowana przez ataki cesarza Józefa II. Gdy w jednych krajach postępowało zniszczenie, w tym samym czasie w innych Zakon powstawał na nowo. Najpierw we Francji, a następnie ożywienie przeszło przez Irlandię, Anglię i Kanadę. Prowincja Irlandzka rozszerzyła się na Stany Zjednoczone i Australię. W 1831 r. w Bawarii powstaje na nowo Zakon dzięki przeżyciu ostatniego bonifratra. W 20 lat później została zrekonstruowana Prowincja pw. św. Karola Boromeusza.

zięki zabiegom włoskiego zakonnika O. Benedykta Menni ponownie została powołana do życia Prowincja Hiszpańska. W roku 1867 Ojciec Benedykt otworzył szpital w Barcelonie, po czym nastąpiło otwarcie 14 dalszych placówek. Rodzinny dom Zakonu w Grenadzie udało się ponownie odkupić w roku 1876. O. Menni założył także Zgromadzenie Sióstr Szpitalnych od Najświętszego Serca Pana Jezusa, które rozprzestrzeniło się również w innych krajach. Nasi bracia w Hiszpanii posiadają obecnie trzy prowincje, a do tego jeszcze siedziby w Peru, Chile, Boliwii, Argentynie, Wenezueli, na Kubie i w Meksyku. Ojcu Benedyktowi Menni udało się ożywić działalność Zakonu w Portugalii. W 1893 roku powstały pierwsze podstawy tej działalności w Telgal i Lizbonie. Jednakże pod rządami wolnomularzy działalność ta była hamowana i dopiero po zamachu stanu w 1917 roku dzieło mogło ponownie się rozwijać.