owstały w 1609 roku z zapisu Waleriana Montelupiego i wspierany fundacjami krakowskiego mieszczaństwa pierwszy bonifraterski szpital u zbiegu ulic Św. Jana i św. Marka służył chorym i cierpiącym przez blisko dwa stulecia. Należycie zorganizowany, zapewniał wysoki, jak na ówczesne czasy, poziom usług medycznych dzięki stałym kontaktom z Wydziałem Lekarskim Uniwersytetu Jagiellońskiego.

otkliwe zubożenie klasztoru w okresie zaborów sprawiło, że zabrakło funduszy na remont budynków zagrożonych całkowitą ruiną. W 1812 roku wskutek usilnych zabiegów biskupa krakowskiego Andrzeja Gawrońskiego król saski i wielki książę warszawski Fryderyk August wydał dekret, na mocy którego Bonifratrzy otrzymali na własność opuszczony klasztor wraz z ogrodem i kościół Trynitarzy pw. Świętej Trójcy przy obecnej ulicy Krakowskiej. W niełatwych politycznie czasach bracia wielkim wysiłkiem odremontowali nową siedzibę i znów zaczęli służyć społeczeństwu Krakowa. Przyznanie Galicji autonomii i objecie prezydentury miasta przez Józefa Dietla, lekarza i społecznika, poprawiło nieco sytuację konwentu i szpitala.

omyślny okres działalności rozpoczął się jednak dopiero wraz z wyborem na przeora Zakonu ojca Laetusa Bernatka - Morawianina z pochodzenia, farmaceuty z wykształcenia, a z usposobienia pragmatycznego marzyciela. Ojciec Bernatek postanowił oto wybudować nowy szpital. Okazją do realizacji tego zamysłu stał się jubileusz 50-lecia panowania cesarza Franciszka Józefa. Zwołana do Wiednia w marcu 1897 roku kapituła prowincji austriacko-czeskiej zaakceptowała pomysł O. Bernatka, aby bonifraterskim wkładem w uczczenie doniosłej rocznicy stała się budowa nowego szpitala w ogrodzie Krakowskiego Konwentu przy ulicy Trynitarskiej. Autorem projektu był znany architekt, profesor Krakowskiej Wyższej Szkoły Techniczno-Przemysłowej, Teodor Talowski.

nergiczny, cieszący się powszechną sympatią, z niezwykłą pomysłowością zabrał się O. Bernatek do zbierania funduszy. Całkowity koszt budowy nowego szpitala wyniósł 450 tys. koron, z czego 369,6 tys. pochodziło ze składek społeczeństwa. W 1898 roku wbudowano kamień węgielny, a uroczyste otwarcie i poświęcenie szpitala przez ks. kardynała Jana Puzynę odbyło się 7 października 1906 roku. Szpital w dniu otwarcia liczył 100 łóżek i zawierał oddziały: wewnętrzny z pododdziałem gruźliczym, chirurgiczny, skórno-weneryczny z ambulatoriami, ponadto ambulatoria dentystyczne i okulistyczne oraz aptekę. Wyposażony w centralne ogrzewanie, elektryczne oświetlenie złożone ze 130 lamp żarowych, wentylacje, zimną i ciepłą wodę oraz specjalistyczną aparaturę medyczną był jednym z najnowocześniejszych szpitali Galicji. Odbyty w 1907 roku X Zjazd Lekarzy i Przyrodników Polskich przyznał szpitalowi złoty medal „za wzorowe urządzenie”.Odzyskanie przez Polskę niepodległości w 1918 roku i odrodzenie się w 1922 roku prowincji polskiej zaowocowało rozbudową budynku, uzupełnianiem wyposażenia o nowoczesną aparaturę medyczną, zatrudnianiem najlepszych lekarzy stosujących nowe metody leczenia.

o wybuchu II wojny światowej przez wszystkie lata niemieckiej okupacji szpital pozostał w rękach braci i udało się go utrzymać dla ludności polskiej. Znaleźli tu zatrudnienie wybitni lekarze zwalniani z przejętych przez Niemców krakowskich klinik. Bonifratrzy, kierowani tym samym, co w przeszłości duchem braterstwa i patriotyzmu, zapewniali też schronienie i pomoc medyczną osobom poszukiwanym przez gestapo, współpracowali z ruchem oporu, ukrywali ludzi podziemia, nierzadko ryzykując własnym życiem.

nia 1 stycznia 1949 roku decyzja nowych władz szpital został upaństwowiony, a w październiku 1950 roku przeszedł całkowicie pod zarząd miasta Krakowa. Braciom zakazano wstępu na teren szpitala, czego dobitnym wyrazem stało się zamurowanie przejścia łączącego go z konwentem. Szpital otrzymał imię Edmunda Biernackiego. Pracujący w nim lekarze i pielęgniarki na miarę swych możliwości nieśli pomoc ludności krakowskiego Starego Miasta i Skawiny.

wycięstwo Solidarności i powrót Rzeczypospolitej Polski zainicjowały starania Bonifratrów o odzyskania szpitala. Na mocy porozumienia z wojewodą krakowskim 1 stycznia szpital wrócił do Zakonu jako pierwszy niepaństwowy szpital w Polsce, obierając sobie za patrona św. Jana Grandego, szesnastowiecznego reformatora hiszpańskiego szpitalnictwa, wyniesionego na ołtarze przez Jana Pawła II w 1996 roku, w czasie, gdy dokonywało się przekształcenie i powrót krakowskiej lecznicy do Zakonu.

a 10 lat, w 2009 roku minie czterechsetna rocznica powstania Szpitala Bonifratrów w Krakowie, najstarszego, nieprzerwanie działającego od 1609 roku, który - powróciwszy do prawowitego właściciela - wytrwale dąży do odbudowania dawnej świetności, pragnąc pełnić swe wielowiekowe dzieło zgodnie z wymogami współczesnej wiedzy i techniki medycznej. Pomny swej bonifraterskiej tradycji zwraca się dziś do swych pacjentów z przesłaniem: „Zaufaj nam, jesteśmy tu, by Ci pomóc”. W chwili obecnej krakowscy Bonifratrzy oprócz szpitala prowadzą aptekę i przychodnie ziołoleczniczą.