istorię braci Bonifratrów w Łodzi rozpoczyna datowany na 1 października 1925 roku dokument Kurii Generalnej w Rzymie zezwalający na założenie w prowincji polskiej nowego konwentu. Pierwszą siedzibą braci był mały domek zakupiony wraz z placem, na którym miał stanąć duży, kilkupiętrowy szpital na 300 łóżek ze specjalistycznymi ambulatoriami i poradnią dla matek, z których uboga ludność mogłaby korzystać bezpłatnie.

roczystego poświęcenia kamienia węgielnego pod budowę konwentu-szpitala dokonał ks. biskup Wincenty Tymieniecki w sierpniu 1928 roku. W roku 1939 wykończona została kaplica i jedno skrzydło szpitala, które w pełni wyposażone miało zostać oddane do użytku we wrześniu, w dzień patrona konwentu - św. Rafała Archanioła. Tymczasem 1 września wybuchła wojna. Łódź włączona została do Rzeszy, a wybudowany z wielkim wysiłkiem szpital zajęli Niemcy. Braciom odebrano nawet mały domek, musieli więc szukać schronienia w mieszkaniach prywatnych. Mimo grożących im represji utrzymywali stały kontakt z ludnością polską, w miarę możliwości przychodząc jej z pomocą medyczną i duchową.

o wojnie szpital, podobnie jak inne bonifraterskie lecznice, został upaństwowiony i przejęty przez zarząd miejski. Usilne starania prowincjała i kolejnych przeorów doprowadziły jedynie do odzyskania przez braci kaplicy, którą udostępniono także chorym.

1945 roku do Łodzi przybyli bracia Bonifratrzy z Wilna, gdzie przez 300 lat prowadzili słynną aptekę ziołoleczniczą. Za cały dobytek przywieźli z sobą zapas ziół, umiejętność przyrządzania leków ziołowych i rzecz najważniejszą - receptury. Uruchomiona w na powrót zamieszkałym przez braci małym domku apteka ziołolecznicza wkrótce stała się sławna nie tylko w Łodzi i okolicy. Wiadomość o skuteczności bonifraterskich mikstur i mieszanek ziołowych ściągała do braci coraz więcej ludzi szukających u nich nadziei na poratowanie zdrowia własnego i swoich najbliższych. Niezależnie od pory roku, w pogodę i niepogodę gotowi byli godzinami wyczekiwać na poradę lekarską w skromnych, ciasnych pomieszczeniach prowizorycznej apteki.

1972 roku bracia zwrócili się do władz o zezwolenie na budowę domu, drugiego już w historii łódzkiego konwentu. Uzyskano ją jednak dopiero w 1978 roku, po licznych zabiegach i interwencjach u władz ojców z Zarządu Prowincji, a nawet generała zakonu o. Pierluigi Marchesiego, będącego w 1977 roku w Polsce na wizytacji.

ciągu kilku miesięcy od uzyskania zgody na budowę nowego domu gotowe były fundamenty, a w dwa lata później, w grudniu 1980 roku odbyło się poświęcenie nowego budynku konwentu i kaplicy. W specjalnym pawilonie znalazła pomieszczenie poradnia ziołolecznicza wraz z apteką, do której przyjeżdżają pacjenci z całej Polski.

statnia dekada XX w. przyniosła łódzkiemu konwentowi ogromne zmiany, które dla Bonifratrów są krokiem w nowe tysiąclecie. Pierwszymi znaczącymi na tej drodze etapami były zmiany związane z wytwarzaniem preparatów ziołoleczniczych oraz podjęcie działalności przez nowo utworzoną środowiskową Stację Opieki Socjalnej Bonifratrów i Ośrodek Rehabilitacji. 1 Stycznia 2000 r. był dla łódzkiego konwentu dniem historycznym. Tego dnia bowiem Bonifratrzy łódzcy zaczęli samodzielnie prowadzić Szpital świętego Jana Bożego. W 2000 r. podjęli też trud objęcia miejscowej ludności kompleksową opieką medyczną w ramach utworzonego POZ.